家系與出生

主條目：孔子世家大宗世系和孔子誕辰日
孔子為魯國人，遠祖是殷商王室，武王克殷後，他的祖先分封到宋國。

其十六世祖是殷商帝乙，十五世祖為宋國第二任國君宋公仲，十二世祖是宋前閔公，十一世祖弗父何讓位給弟宋厲公，拜為宋國上卿。七世祖孔父嘉是宋國大夫，曾為大司馬，在宮廷內亂中被殺，孔父嘉子木金父避災逃到魯國的陬邑定居，作魯國的大夫。

孔子的父親叔梁紇居於魯昌平鄉陬邑，為陬邑大夫。叔梁紇與原配施氏連出九個女兒，他望子心切，於是續娶一妾，得一子名孟皮，卻腳有殘疾。叔梁紇在七十二歲時三度娶妻，娶了十八歲的顏征在[來源請求]，由於婚姻不合禮製，被史書稱為野合，約在魯襄公廿二年（公元前551年）生下孔丘。顏征在曾私下至尼丘山祭祀尼丘山神以求子，故取名丘，字仲尼。

儀容
孔子生而首上圩頂，而孔子，名「丘」，即是來源於此的說法。而唐朝司馬貞認為：「圩言烏。頂音鼎。圩頂言頂上窳也，故孔子頂如反宇。反宇者，若屋宇之反，中低而四傍高也。」即孔子頭頂中部有凹陷。清朝陳立相信此說，「是孔子首形象邱，四方高，中下，故名丘焉。」史學家錢穆在《孔子傳略》中也持此說。
孔子身高九尺六寸（據中國度量衡條，周尺一尺約19.1公分，八寸為一尺，則孔子身高約186公分；戰國時期為一尺23.1公分，十寸為一尺，則孔子身高為221.76公分。以春秋時期的魯尺應遵循周製而言，則《孔子世家》所載之九尺六寸，當為186公分。）被後世稱為「長人」，這是孔子父親的遺傳。據《左傳·襄公十年》曾記載：孟獻子曾稱贊孔子父親叔梁紇能力舉城門，說：「這就是《詩經》所說的『像老虎一樣有力氣』的人。」

早年教育
孔子早年生活極為艱辛，他說：「吾少也賤，故多能鄙事。」
孔子三歲時，叔梁紇去世，葬於魯國東部的防山，孔母未將墓的所在地告訴孔子。顏氏移居曲阜闕裏，將其撫養成人。
幼年的孔子常將祭祀用的禮器（俎豆）擺設起來，練習行禮演禮，作為一種遊戲。
孔子的母親在他17歲時去世，孔子希望將父母合葬。為了打聽父親葬處，他將母親棺殯停於路口（五父之衢），向路人打聽。後孔母的鄰居曼父之母，告訴孔子叔梁紇的墓處，孔子這才將父母合葬於防山。第二年，孔子在為母親守喪時，季孫氏宴請士一級的人（饗士）。孔子前往，不想卻被季孫氏家臣陽虎訓斥並拒絕。但後世學者多懷疑此事有偽。
19歲時孔子為魯國貴族季孫氏做文書、委吏和乘田等小吏，管理倉儲和畜牧。娶宋人亓官氏為妻，第二年亓官氏生子。魯昭公派人送鯉魚表示祝賀，該子便名為孔鯉，字伯魚。孔鯉先孔子而死，有遺腹子孔伋，字子思。
23歲時孔子開始在鄉間收徒講學，學生有顏由（顏回之父）、曾點（曾參之父）、冉耕等。
魯昭公十七年，郯國國君郯子訪魯。郯子博學多才，27歲的孔子慕名拜見。韓愈《師說》有語：「孔子師郯子。」孔子先後「問禮於老聃，學鼓琴於師襄子，訪樂於萇弘。」
大約三十歲左右，最初的一些弟子來到孔子身邊。此後，孔子一直從事教育事業，他廣收門徒，相傳弟子三千，賢人七十二。他首倡有教無類及因材施教，成為當時學術下移、私人講學的先驅和代表，故後人尊為「萬世師表」及「至聖先師」。

適齊
三十五歲時，魯昭公被魯國掌權的三桓季孫氏、叔孫氏、孟孫氏擊敗，逃到齊國，孔子便離開魯國到齊國，為高昭子家臣。孔子曾與齊太師談說音樂，聞習韶樂之盛美，三月不知肉味。齊景公問政於孔子，孔子說：「君君，臣臣，父父，子子。」齊景公說：「善哉！信如君不君，臣不臣，父不父，子不子。雖有粟，吾得而食諸？」他日又問政於孔子，孔子說：「政在節財。」景公想封孔子為尼谿田大夫，遭齊相國晏嬰進言勸阻，晏嬰認為孔子會幹擾齊國的文化。後來得知有齊大夫欲害孔子，景公沒有辦法，只好辭退孔子，孔子則重回魯國，聚徒講學。

初仕魯國
魯定公九年，51歲的孔子仕魯，初為中都宰（中都為今山東汶上縣），一年後做季孫氏司空，再升為魯國大司寇，期間行攝相事。

魯定公十年，魯定公與齊景公會於夾谷，孔子成功說服齊歸還侵占魯的汶陽等地。

魯定公十三年，孔子為重新確立魯公室的權威，策劃實施「隳三都」的政治軍事行動，希望能夠削減三桓麾下的實力，於是先墮叔孫氏之郈，再墮季孫氏之費，後因沒能圍攻孟孫氏的郕邑，功敗垂成。

魯定公十四年，孔子誅殺魯大夫亂政者少正卯；但有看法認為少正卯事件是受到法家思想影響的後世學者所杜撰。

由於孔子治下魯國頗有起色，引起齊人警懼，齊大夫黎鉏設計，向魯贈送女樂文馬使魯定公不問朝政，並讓孔子與魯定公、季桓子等人之間在道德與政策上的分歧難以彌合，最終孔子去魯仕衛。

周遊列國
離開魯國以後，孔子率眾弟子周遊列國，輾轉於衛、曹、宋、鄭、陳、蔡、葉、楚等地，然而均未獲重用。其間，在匡、宋、蒲等地，孔子一行多次被困遇險。

• 留衛期間
  孔子到了衛國，在前往陳地時，途經匡城，顏刻舉策指著郭外缺口說：「昔吾入此，由彼缺也。」因孔子身材高大，被匡人誤以為是魯國的陽虎，而遭圍捕。子路感到憤怒，奪戟準備交戰，但被孔子阻止。過程中孔子曾與顏回失散，一度以為顏回已死。
  衛靈公提供孔子與仕魯時同等的俸祿。居住一段時間後，遭人誣諂而離開。
  孔子在蒲城滯留幾個月後返回衛國，衛靈公夫人南子非常想見孔子，並派人逼孔子去謁見她。孔子不得已就去了，臉朝著北面，低頭俯地，不敢正視她；她亦於帷幕中再拜孔子。子路得知南子見孔子之後，為此事甚感不滿，孔子心裏明白，便對著子路向天發誓說：「我如果做了錯事的話，就讓老天處罰我吧！」數月後，衛靈公與夫人南子同車，孔子為次，其余官員在後，招搖遊市而過。孔子對此事引以為恥，顏刻問有何恥辱，孔子感嘆：「我還從未遇見過好德勝過好色的人啊！」便離開衛國。
• 過宋之危
  孔子到了宋國以後，在大樹下和弟子習禮。宋司馬桓魋欲殺孔子，將大樹拔除。弟子打算盡速離去，孔子說：「上天給了我德行，桓魋能把我怎麽樣呢？」
• 相失於鄭
  孔子在鄭國時，與弟子失散，孔子獨自站立在外郭的東門。有人告知子貢，東門有人的額頭像堯，脖子像臯陶，肩膀像子產，腿長比禹短了三寸，但狼狽得像「喪家（喪事人家）之犬」。弟子終把孔子尋回，並將此話告訴孔子，孔子欣然笑曰：「形容我說像那些聖賢的樣貌，還在其次。但說我像條『喪家之犬』，真的講得很對、很對！」
• 受困陳蔡
  周敬王三十一年（魯哀公六年，前489年）壬子，吳伐陳、楚伐蔡之際，楚昭王派人聘請孔子，孔子隨即出發。陳、蔡大夫懼怕孔子為楚國所用，便將孔子圍困在陳、蔡野外，孔子等人不得行，絕糧七日，許多弟子病倒不起。弟子中多有不快者，孔子仍舊講誦不絕。後來派子貢至楚，楚昭王興師迎接孔子。孔子在楚國期間，楚昭王一度想封給孔子七百裏土地，令尹子西以孔子手下人才濟濟，如果獲得封地將來會威脅楚國統治為由勸阻了昭王。
  
  

晚年
顛沛流離凡十四年，前484年，年近七十歲的孔子被季康子派人迎回魯國尊為國老，但未受魯哀公的任用，這段期間孔子專註於教育和古籍整理。前483年，獨子孔鯉先孔子而死[23]。前481年，顏回先他而去世。孔子有所感慨：「昔從我於陳蔡者，皆不及門也。」哀公十四年夏，齊國陳恒弒其君，孔子齋戒沐浴三天，向哀公懇請伐齊，哀公讓他「去問季孫氏」，後孔子向季康子請求出兵，但被其拒絕。公元前479年3月9日（魯哀公十六年四月己醜日，儒略歷3月9日，格裏歷3月4日，夏歷二月十一），孔子逝世，享年73歲（滿71周歲，虛歲73歲），死後被葬於曲阜城北的泗水岸邊。眾弟子為其服喪3年，子貢為孔子守墓6年。

回首一生，孔子說：「吾十有五而誌於學，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳順，七十而從心所欲，不逾矩。」